Институт клинической иммунологии СО РАМН был создан в 1981 году на базе отдела иммунологии Института клинической и экспериментальной медицины СО РАМН. Институт представляет крупное научное учреждение со штатом 428 человек  вместе с клиникой, включая 98 кандидатов наук, 16 докторов наук и 1 академика.

За 25 лет сотрудниками Института защищено 28 докторских и 112 кандидатских диссертаций, разработано и апробировано около 100 новых иммунологических методов диагностики, прогноза и лечения различных заболеваний, получено 34 авторских свидетельства, 27 патентов и 1 свидетельство на открытие. Результаты научных исследований изложены в 3217 научных публикациях. 

Приоритетные направления работы Института включают:
• исследование молекулярно-генетических механизмов регуляции процессов активации, пролиферации и дифференцировки клеток иммунной системы в норме и при иммунопатологических состояниях и разработку новых методов иммунокоррекции на основе клеточных биотехнологий и генно-инженерных продуктов;
• исследование механизмов регуляции стволовых клеток и клеток-предшественников и разработку высокоэффективных биотехнологических методов в лечении основных заболеваний человека;
• исследование молекулярно-генетических механизмов формирования полиморфизма иммунной системы как основы для разработки новых методов оценки здоровья,  прогноза развития  и лечения иммунопатологических состояний.